في عام 1188هـ/ 1774م وصل من القرين مرورا بالبحرين والأحساء الشيخ أحمد بن رزق الخالدي (ابن رزق)، وكان العتوب في ذلك العام يسكنون بلدة فريحة القريبة من الموقع الذي تأسست عليه بلدة الزبارة، والتي أسسها أمير العتوب الشيخ محمد بن خليفة العتبي (جد آل خليفة حكام البحرين حاليا)، سنة 1182هـ/ 1768م، وسكن في قلعة مرير، فتشاور ابن رزق مع خليفة العتبي في موضوع تأسيس الزبارة فوافق أمير العتوب، فباشر ابن رزق في تأسيس مدينة الزبارة، ولم يحاول آل مسلم حكام قطر آنذاك منع العتوب من سكن الزبارة واتخاذها مقرا لهم، رغم تجربتهم السابقة معهم، وسبب ذلك العلاقة الطيبة بين آل خليفة و بني خالد حكام شرق الجزيرة والأحساء، الذين يهابهم آل مسلم، إلا أنهم ألزموهم بدفع إتاوة سنوية لهم.^[2]

وقد هاجر العديد من تجار البصرة إلى الزبارة إثر طاعون الكوليرا الذي حلّ بها وبالزبير سنة 1187هـ/ 1773م، وكذلك محاصرة الفرس للبصرة سنة 1189هـ/ 1775م ثم احتلالهم لها، فساعد ذلك على سرعة نمو المدينة الجديدة. وقد تركز فيها تقريبًا تجارة اللؤلؤ، والتجارة عامة، بين شرق الجزيرة العربية والهند، خلال هذه الفترة والفترة اللاحقة. وقد امتدت المنازل والقصور إلى خارج الأسوار فبني سور آخر حول المدينة الجديدة، يبلغ طوله حوالي 2 كيلومتر، يتخلله عشرون برجًا (نصف دائري)، كما تم حفر القناة التي كانت تصل بين البحر وأطراف قلعة مرير، وشيدت عدة قلاع حول الزبارة في الفريحة وليشا وحلوان وعين محمد وركيات وأم الشول والثغب؛ حيث بلغت أوج ازدهارها في حكم خليفة بن محمد. وكان من أشهر سكانها الذين ذكرهم الشيخ عثمان بن سند البصري مؤلف مخطوطة سبائك العسجد: آل جامع و ابن فيروز وآل العباسي (باش أعيان) وغيرهم.

بيد أن ذلك لم يدم طويلا؛ فقد أدركها الخراب سنة 1810 – 1811م، إثر الحرب التي نشبت بين السيد سعيد سلطان عمان والموحدين (الوهابيين)، وقد كتب الكابتن ج. ب. براكس، عام 1824م، بأن الزبارة مدينة كبيرة تحولت إلى خرائب، وقد سبقة الكابتن روبرت تيلور، عام 1818م، الذي قدر أنه كان بالمدينة حوالي 400 منزل.